Sultan Baabullah Mengumumkan Perang Jihad

Sultan Baabullah tidak menunda waktu setelah penobatan dan pidato pelantikan diucapkan. Perang Jihad diumumkan di seluruh negeri. Tak kalah dengan ayahnya ia tampil sebagai koordinator yang handal dari berbagai suku yang berbeda akar genealogis di nusantara bagian timur. Untuk memperkuat kedudukannya Sultan Baabullah menikahi adik Sultan Iskandar Sani dari Tidore.

Raja – raja Maluku yang lainpun melupakan persaingan mereka dan bersatu dalam satu komando di bawah Sultan Baabullah dan panji Ternate, begitu pula raja – raja dan kepala suku di Sulawesi serta Papua. Sultan Baabullah memiliki panglima – panglima yang handal, di antaranya ; Raja Jailolo Katarabumi, salahakan (gubernur) Sula Kapita Kapalaya, salahakan Ambon Kapita Kalakinka, dan Kapita Rubuhongi. Menurut sumber Spanyol, dibawah panjinya Sultan Baabullah mampu mengerahkan 2000 kora – kora dan 120.000 prajurit.