Pemicu Perlawanan Sultan Baabullah

Setelah kejatuhan Ambon ke tangan Ternate dalam perang Ternate – Portugis yang pertama, Portugis terpaksa memohon damai kepada sultan Khairun yang kemudian disambut dengan itikad baik. Semua hak-hak istimewa Portugis menyangkut monopoli perdagangan rempah-rempah dihilangkan namun mereka tetap diperbolehkan untuk berdagang dan bersaing dengan pedagang nusantara serta pedagang asing lainnya secara bebas. Rupanya permohonan damai Portugis itu hanya kedok untuk mengulur waktu demi mengkonsolidasikan kembali kekuatan mereka, menunggu waktu yang tepat untuk membalas Ternate.

Dengan dalih ingin membicarakan dan merayakan hubungan Ternate – Portugis yang membaik, gubernur Portugis Lopez De Mesquita (1566-1570) mengundang sultan Khairun ke benteng Sao Paulo tanggal 25 Februari 1570 untuk jamuan makan. Sang sultan memenuhi undangan itu dan datang tanpa pengawal, tak dinyana setibanya di benteng ia dibunuh atas perintah De Mesquita. De Mesquita beranggapan dengan mengenyahkan sultan Khairun, Maluku akan kehilangan pemimpin hebat dan segera tercerai berai, akan tetapi ia lupa bahwa sultan Khairun memiliki pewaris – pewaris yang hebat terutama dalam diri pangeran Baabullah.