Masa keemasan Ternate Semasa Sultan Baabullah

Dengan kepergian orang Portugis, Sultan Baabullah menjadikan benteng Sao Paulo sebagai benteng sekaligus istana, ia merenovasi dan memperkuat benteng tersebut kemudian mengubah namanya menjadi benteng Gamalama. Sultan Baabullah masih melanjutkan hubungan dagang dengan bangsa barat termasuk Portugis dan mengizinkan mereka menetap di Tidore, akan tetapi tanpa pemberian hak istimewa, para pedagang barat diperlakukan sama dengan pedagang – pedagang dari negeri lain dan mereka tetap diawasi dengan ketat. Sultan Baabullah bahkan mengeluarkan peraturan yang mewajibkan setiap bangsa Eropa yang tiba di Ternate untuk melepaskan topi dan sepatu mereka, sekedar untuk mengingatkan mereka agar tidak lupa diri.

Sultan Baabullah tetap memelihara persekutuan yang telah terbentuk dan sering mengadakan kunjungan ke wilayah – wilayah yang mendukung Ternate dan menuntut kesetiaan mereka terhadap persekutuan yang dipimpinnya. Tahun 1580 Sultan Baabullah mengunjungi Makassar dan mengadakan pertemuan dengan raja Gowa Tunijallo, mengajaknya masuk Islam dan ikut serta dalam persekutuan melawan Portugis dan Spanyol. Sang raja tak langsung menyutujui ajakan Sultan untuk memeluk Islam namun setuju untuk ikut dalam persekutuan kemudian sebagai tanda persahabatan Sultan Baabullah menghadiahkan pulau Selayar kepada Raja Gowa.

Dibawah pimpinan Sultan Baabullah, Ternate mencapai puncak kejayaan, wilayah kekuasaan dan pengaruhnya membentang dari Sulawesi Utara, tengah dan timur di bagian barat hingga kepulauan Marshall dibagian timur, dari Filipina (Selatan) di bagian utara hingga sejauh kepulauan Kai dan Nusa Tenggara dibagian selatan. Tiap wilayah atau daerah ditempatkan wakil – wakil sultan atau yang disebut Sangaji. Sultan Baabullah dijuluki “penguasa 72 negeri” yang semuanya memiliki raja yang tunduk kepadanya (sejarawan Belanda, Valentijn menuturkan secara rinci nama-nama ke-72 negeri tersebut) hingga menjadikan kesultanan Ternate sebagai kerajaan Islam terbesar di Indonesia timur.

Sultan Baab tetap melanjutkan kebijakan ayahnya dengan menjalin persekutuan dengan Aceh dan Demak untuk mengenyahkan Portugis dari Nusantara. Persekutuan Aceh – Demak – Ternate ini merupakan simbol persatuan nusantara karena ketiganya sebagai yang terbesar dan terkuat di masa itu merangkai wilayah barat. tengah dan timur nusantara dalam satu ikatan persaudaraan, mewujudkan kembali persatuan nusantara sejak keruntuhan Majapahit.